Był również zaangażowany w testowanie i ocenę skuteczności bomby atomowej przed jej zrzuceniem na Hiroszimę i Nagasaki. Kontrowersje wokół poświadczenia bezpieczeństwa Oppenheimera zaczęły się w 1953 roku, kiedy został oskarżony o zagrożenie dla bezpieczeństwa ze względu na jego lewicowe poglądy polityczne i wcześniejsze powiązania z organizacjami komunistycznymi. Pomimo swojej kluczowej roli w rozwoju bomby atomowej podczas II wojny światowej, Oppenheimer stanął w obliczu serii przesłuchań, które ostatecznie doprowadziły do cofnięcia jego poświadczenia bezpieczeństwa.

Decyzja została szeroko skrytykowana przez naukowców i intelektualistów, którzy postrzegali ją jako motywowany politycznie atak na wolność akademicką i dociekania intelektualne. Reputacja Oppenheimera nigdy w pełni nie wróciła do normy po męce. W późniejszych latach Oppenheimer spotkał się z kontrowersjami i prześladowaniami politycznymi z powodu swoich lewicowych poglądów i powiązań z komunizmem. Został oskarżony o stwarzanie zagrożenia dla bezpieczeństwa i cofnięto mu poświadczenie bezpieczeństwa, co zakończyło jego zaangażowanie w prace rządowe. Pomimo tego niepowodzenia nadal był wybitną postacią w środowisku naukowym, pełniąc funkcję dyrektora Instytutu Studiów Zaawansowanych na Uniwersytecie Princeton.

Dziedzictwo Oppenheimera polega na jego wkładzie w fizykę jądrową i jego roli w Projekcie Manhattan, który zapoczątkował nową erę energii atomowej. Wpływ Oppenheimera na naukę i społeczeństwo jest niezmierzony. Jako dyrektor Projektu Manhattan odegrał kluczową rolę w opracowaniu pierwszej bomby atomowej, co ostatecznie doprowadziło do zakończenia II wojny światowej. Jednak dostrzegł również niebezpieczeństwa związane z bronią jądrową i stał się orędownikiem jej kontroli i pokojowego użycia. Wkład Oppenheimera w fizykę i jego przywództwo w badaniach naukowych pomogły ukształtować współczesną naukę i technologię.